Symptomene på cøliaki kan være diffuse og varierer fra person til person. De vanligste symptomene ved ubehandlet cøliaki er:
- Periodevis/langvarig diaré
- Kronisk forstoppelse samt luftansamlinger
- Følelse av oppblåsthet
- Kronisk jern- og vitaminmangel
- Vantrivsel
- Påfallende, uforklarlig tretthet
- Uforklarlige magesmerter
- Benskjørhet
- Manglende vektøkning (vekttap), og dårlig høydevekst (hos barn)
- Emaljeskader på permanente tenner